Οι Δαφνές αναφέρονται πρώτη φορά σε έγγραφο του 1268 που αφορά την εκχώρηση της Μονής Παλιανής με όλα τα περιουσιακά στοιχεία της στη Λατινική Αρχιεπισκοπή Κρήτης, ωστόσο είναι βέβαιο οτι ο οικισμός υπήρχε τουλάχιστον ήδη απο την Β΄ Βυζαντινή περίοδο.
Σύμφωνα με την παράδοση, το χωριό ιδρύθηκε απο κατοίκους του παρακείμενου οικισμού Σκιλλοχωριό, που βρισκόταν στα υψώματα βορειοανατολικά των Δαφνών και τελικά ερημώθηκε γύρω στις αρχές του 18ου αιώνα.
Ενετικές Αποιγραφές
1577 ''Dhaphnes Cato'' & ''Dhaphnes Apano'' (Fr. Barozzi)
1583 251 κάτ. ''Dafnes Apano'' & 168 κάτ. ''Dafnes Cato'' (P. Castrofylaka)
1630 ''Dafnes Apano'' & ''Dafnes Cato'' (Bassilicata)
Χάρτης
Πηγές
Σ. Σπανάκης Πόλεις και χωριά της Κρήτης
Ι. Φαντάκης - Οικισμοί της Κρήτης κατα τη Β΄ Βυζαντινή περίοδο
