Μια απαραίτητη διαδικασία για τους ταξιδιώτες της εποχής, ήταν τα λοιμοκαθαρτήρια και η επίπονη παραμονή τους μέσα σ ’ αυτά, προς αποφυγή μετάδοσης λοιμωδών νοσημάτων.
Ο θεσμός του λοιμοκαθαρτηρίου χρησιμοποιήθηκε πρώτη φορά από τους Βενετούς, οι οποίοι κατασκεύασαν το πρώτο λοιμοκαθαρτήριο στη νησίδα ''Λαζαρέτο'' της Βενετίας. Το μέτρο απέδωσε και οι Ενετοί το επέκτειναν, κατασκευάζοντας λοιμοκαθαρτήρια σε όλα τα λιμάνια των κτήσεων τους.
Στο Χάνδακα, το λοιμοκαθαρτήριο κατασκευάστηκε στην ανατολική πλευρά του λιμανιού και συγκοινωνούσε με την πόλη, μέσω της πύλης του Αγίου Γεωργίου, ή Πύλη Λαζαρέτο όπως επικράτησε να λέγεται, ενώ στα Χανιά κατασκευάστηκε πάνω στη νησίδα Λαζαρέτο, ανοικτά των ακτών της Νέας Χώρας Χανίων.
Κατά την τελευταία περίοδο της Τουρκοκρατίας, ως λοιμοκαθαρτήριο στο Ηράκλειο, χρησιμοποιήθηκε περιστασιακά το κτίσμα του ‘’Μικρού Κούλε.’’
Το 1834, οι μέρες της καραντίνας στα Λαζαρέτα είχαν περιοριστεί σε επτά, όπως μαρτυρεί ο Άγγλος περιηγητής Rochfort Scott, ο οποίος ταξίδεψε από την Αίγυπτο στο Ηράκλειο και αναγκάστηκε να μείνει σε επταήμερη καραντίνα, λόγω εμφάνισης Πανούκλας στη Σμύρνη και στην Κωνσταντινούπολη.
Άποψη του ''Μικρού Κούλε'' φωτογραφημένος από τον Rochfort Scott, το 1834.
Διακρίνεται η σκηνή που είχε στήσει κατ΄ εξαίρεση, με άδεια που του παραχώρησαν οι
Τουρκικές αρχές, μαζί με τη δυνατότητα να κινείται στα όρια του μικρού μώλου,
κατα τη διάρκεια της επταήμερης καραντίνας του..